Este artigo consiste em uma genealogia das políticas de apoio à inovação tecnológica no Brasil, instituídas entre os anos 1990 e 2000. Em particular, analisarei o programa Fundos Setoriais, que é, se não o primeiro, certamente um dos mais importantes instrumentos dessas políticas, criado em 1999. As noções de genealogia e origem remetem a Foucault (2007). Assim, o objetivo geral deste artigo é mostrar que, na origem dos Fundos Setoriais e das políticas de inovação no Brasil, encontra-se um debate sobre a relação entre ciência e atividade econômica. Mais especificamente, a questão colocada na época era a necessidade de reconectar ou rearticular esses dois campos, isto é, fazer com que os conhecimentos científicos produzidos no país se tornassem um motor do desenvolvimento e da modernização da sociedade. O objetivo específico é mostrar que o conceito de inovação emergiu na política pública brasileira como um mediador da relação entre ciência e atividade econômica, no sentido que a Teoria do Ator-Rede atribui à noção de mediação (Latour, 2012). Isso implica, entre outras coisas, o reconhecimento de que, ao reconectar esses dois campos, o conceito de inovação produziu (ou ao menos se propôs a produzir) profundas transformações em ambos.